La misión de la Universidad Intercultural es promover la formación de profesionales comprometidos con el desarrollo económico y cultural de las distintas regiones indígenas del país, revalorar los procesos de generación del conocimiento de los pueblos indígenas, la difusión de los valores propios de las comunidades a las que pertenecen, así como abrir espacios para promover procesos de comunicación, revitalización, desarrollo y consolidación de lenguas y culturas originarias para estimular una comunicación pertinente de las tareas universitarias con las comunidades del entorno. 

Esta nueva institución, a través del desarrollo de sus funciones de docencia, investigación, difusión y preservación de la cultura, extensión de los servicios y vinculación con la comunidad, busca favorecer un diálogo permanente de las comunidades con el desarrollo científico y cultural contemporáneo.