1. El Modelo Educativo de esta nueva institución se orienta por los siguientes propósitos:

1.1 Incorporar expresiones lingüísticas y manifestaciones de las culturas y saberes de los pueblos indígenas del país, en las funciones sustantivas de la universidad, promoviendo su inserción en  el corpus fundamental de la experiencia formativa y en la investigación científica concebidas desde la perspectiva de la universidad contemporánea.
1.2 Abrir espacios de expresión y comunicación en las diversas lenguas mexicanas en el ámbito universitario para favorecer: condiciones que permitan recapitular, sistematizar, e impulsar procesos de revitalización, consolidación y desarrollo de las mismas, así como de la filosofía, y cosmovisión de las culturas, y estimular procesos de comunicación propios de las culturas mexicanas y  proyectar sus conocimientos y valores hacia el resto  de la sociedad  y del mundo.
1.3 Desarrollar una actividad formativa intensa que implique el compromiso de los estudiantes para proyectar un servicio institucional que impulse el desarrollo comunitario.
1.4 Incorporar actores comunitarios en el proceso de construcción y sistematización del conocimiento y en el tratamiento profesional de los problemas así como en la búsqueda de soluciones.
1.5 Proyectar, a través de la actividad académica institucional, las acciones y condiciones que favorezcan el reconocimiento de la comunidad científica, tanto nacional como internacional, del saber, filosofía y axiología de las culturas originarias de México, fomentando así su divulgación y difusión.

2. Para el ejercicio de la docencia,  la Universidad Intercultural,  deberá  promover métodos y enfoques psicopedagógicos que fomenten la formación de hábitos y actitudes que formen un ciudadano capaz de convertirse en agente consciente de su desarrollo creativo, capacidad de autoaprendizaje, sentido crítico, disciplina y organización en el trabajo, además con  sentido de responsabilidad personal y social.

3. Una tarea central de la nueva institución será la actividad de investigación generada en torno a temas como Lengua Cultura y Desarrollo, de donde surgirán los elementos de formación, y de acción esenciales para impulsar sus líneas de investigación con base en cuatro dimensiones:

3.1. Estudio y  desarrollo de proyectos de investigación sobre las lenguas y las culturas indígenas y sobre su necesaria interacción con diversos ámbitos y sectores sociales con el propósito de proyectar procesos de revitalización, desarrollo y consolidación de las culturas originarias en la construcción de la identidad nacional. 
3.2. Problemática ambiental, económica, educativa, social, y cultural emergente de las comunidades de influencia de la región en donde se ubique la institución, así como la exploración de opciones de solución orientadas por el respeto a sus necesidades, valores y tradiciones.
3.3. Necesidades de articulación de la  problemática comunitaria con la docencia, esto es, con el proceso de orientación y formación profesional de los estudiantes como son la metodología de sistematización y análisis, las orientaciones pedagógicas, las estrategias didácticas, el empleo de tecnologías culturalmente apropiadas, la generación de nuevos conocimientos y/o nuevas tecnologías, los servicios o actividades de extensión requeridos por las comunidades, etc.
3.4. Temas derivados de la problemáticas de interés que surjan en las experiencias de Vinculación con la Comunidad y que consideren los principios expuestos en  los incisos 1), 2), 3), anteriormente referidos.

4. La nueva institución deberá establecer estrechos vínculos con la comunidad o región a la que pretende beneficiar a través de actividades formativas que involucren a docentes y estudiantes en acciones de investigación, sistematización y proyección de servicios de relevancia para impulsar su desarrollo. La formación de los estudiantes no puede concebirse en este Modelo Educativo si no se promueve de manera dinámica y transversal el desarrollo de estas acciones.

5. Se dará lugar especial a la expresión y enseñanza de las Lenguas indígenas, con los propósitos de:

5.1. Fomentar la enseñanza de las lenguas indígenas de la región para promover su revitalización, desarrollo y consolidación y tender puentes de comunicación directa entre el quehacer universitario y las comunidades.
5.2. Promover procesos de difusión de las culturas indígenas en otras latitudes.
5.3. Generar un espacio de estudios propicio para establecer condiciones de tránsito favorables a la mejor comprensión de diversas perspectivas de reflexión, análisis y disciplina de trabajo que requieren los estudios universitarios.

6. La oferta educativa se desarrollará a partir de las necesidades y de las potencialidades de desarrollo de las comunidades o regiones a las que deberá atender la formación. La oferta educativa ha iniciado con las siguientes carreras innovadoras: Licenciaturas en: Lengua y Cultura,  Desarrollo Sustentable, Comunicación Intercultural, Turismo Alternativo Sustentable, que tendrán sus correspondientes salidas laterales como Profesional Asociado.

7. Se pretende establecer ciclos de formación para determinadas generaciones y trasladar la oferta hacia otras regiones a fin de que el egreso no tienda  a saturar el mercado de trabajo regional o los nichos de ejercicio profesional generados a partir de la formación de profesionales. Esta oferta debe plantearse como cíclica y rotativa entre diferentes instituciones de educación superior de carácter intercultural.

8. No se seleccionará a los estudiantes por criterios de desempeño académico convencional (calificaciones promedio, exámenes de selección) dadas las difíciles condiciones de integración a oportunidades educativas de calidad que estos sectores sociales han padecido en los niveles antecedentes. Los criterios de integración de la matrícula deberán considerar la posibilidad de establecer cuotas de participación acordes a criterios de equidad de género y por cada uno de los pueblos indígenas presentes en la entidad o región de influencia.